1927年に日本で初めて早川徳次が率いる東京地下鉄道株式会社が現在の銀座線の一部である東京の浅草-上野間で運行を開始し、1934年に新橋まで延伸した。これとは別に、五島慶太が率いる東京高速鉄道株式会社が1938年～1939年に同じく現在の銀座線の一部である渋谷-新橋間で運行を開始した。紆余曲折を経て、1939年に東京地下鉄道株式会社と東京高速鉄道株式会社が運行する路線の直通運転を開始し、1941年に新たに設立された帝都高速度交通営団に両路線が譲渡された。帝都高速度交通営団は2004年に民営化されて東京地下鉄株式会社(通称 東京メトロ)となった。 東京地下鉄道株式会社が建設した万世橋駅は1930年に開業し、わずか2年弱の1931年に神田駅延伸により廃止された。また、現在の新橋駅は東京地下鉄道株式会社の駅を利用しており、東京高速鉄株式会社の新橋駅は現存はするものの閉鎖されている。
 その後、東京都を走る地下鉄は増え続け、現在は東京地下鉄株式会社、東京都交通局(通称 都営地下鉄)、京浜急行電鉄、西武鉄道、京王電鉄、東京急行電鉄、埼玉高速鉄道、東日本旅客鉄道(通称 JR東日本)の横須賀線・総武快速線と京葉線、東京臨海高速鉄道、京成電鉄の本線、首都圏新都市鉄道つくばエキスプレスの計11事業者によって運営されている。路線数と駅の数は東京メトロが9路線179駅、都営地下鉄が4路線106駅となっている。また、路線番号は旧運輸省内に設置された運輸政策審議会、国土交通省内に設置された交通政策審議会によって名付けられている。
 2008年に副都心線(13号線)が全線開通したことに伴い、交通政策審議会によって答申された未開業の新線は全て完成した。このため、副都心線は最後の新規開業の地下鉄路線とされている。