薬師寺は天武天皇が当時の皇后（後の持統天皇）の病気回復を願って建立を計画し、698年に藤原京に建造された寺院である。その後、薬師寺は都の遷都とともに藤原京から平城京へと移転したとされ、今は平城京にある薬師寺が移転するまであったこの地を本薬師寺跡と呼んでいる。本薬師寺跡は金堂及び東西両塔を含む中心部分が国の特別史跡に指定されている。往時をしのばせる以降は金堂と東西両塔の基壇と礎石が残るのみだが、伽藍配置は平城京の薬師寺と同様で、中央に金堂を、金堂の手前東西に塔を、金堂の背後に講堂を一直線に配し、さらにこれらを囲む回廊を配している。現在、本薬師寺跡は休耕水田になっており、ほていあおいが植えられている。