| | 名称 | 所在地 | 特徴 | 面積 (ha) | 登録年月 |
| 1 | 宮島沼 | 北海道 | マガン渡来地 | 41 | 2002/11/18 |
| 2 | 雨竜沼湿原 | 北海道 | 高層湿原 | 624 | 2005/11/08 |
| 3 | サロベツ原野 | 北海道 | 高層湿原、オオヒシクイ・コハクチョウ渡来地 | 2560 | 2005/11/08 |
| 4 | クッチャロ湖 | 北海道 | ガンカモ渡来地 | 1607 | 1989/07/06 |
| 5 | 濤沸湖 | 北海道 | 低層湿原、湖沼、オオハクチョウ・オオヒシクイ等渡来地 | 900 | 2005/11/08 |
| 6 | ウトナイ湖 | 北海道 | ガンカモ渡来地 | 510 | 1991/12/12 |
| 7 | 釧路湿原 | 北海道 | 低層湿原、タンチョウ生息地 | 7863 | 1980/06/17 |
| 8 | 厚岸湖・別寒辺牛湿原 | 北海道 | 低層湿原、オオハクチョウ・ガンカモ渡来地、タンチョウ繁殖地 | 5277 | 1993/06/10 |
| 9 | 霧多布湿原 | 北海道 | 高層湿原、タンチョウ繁殖地 | 2504 | 1993/06/10 |
| 10 | 阿寒湖 | 北海道 | 淡水湖、マリモ生育地 | 1318 | 2005/11/08 |
| 11 | 風蓮湖・春国岱 | 北海道 | 汽水湖、低層湿原、藻場、タンチョウ繁殖地、キアシシギ・オオハクチョウ等渡来地 | 6139 | 2005/11/08 |
| 12 | 野付半島・野付湾 | 北海道 | 塩性湿地、低層湿原、藻場、タンチョウ繁殖地、コクガン・ホオジロガモ等渡来地 | 6053 | 2005/11/08 |
| 13 | 大沼 | 北海道 | 淡水湖、堰止湖群 | 1236 | 2012/7/4 |
| 14 | 仏沼 | 青森県 | オオセッカ繁殖地 | 222 | 2005/11/08 |
| 15 | 伊豆沼・内沼 | 宮城県 | マガン等ガンカモ渡来地 | 559 | 1985/09/13 |
| 16 | 蕪栗沼・周辺水田 | 宮城県 | マガン等ガンカモ渡来地 | 423 | 2005/11/08 |
| 17 | 化女沼 | 宮城県 | ダム湖、ヒシクイ（亜種）、マガン等の渡来地 | 34 | 2008/10/30 |
| 18 | 大山上池・下池 | 山形県 | ため池、マガモ、コハクチョウ等の渡来地 | 39 | 2008/10/30 |
| 19 | 渡良瀬遊水地 | 茨城県、栃木県、群馬県、埼玉県 | 低層湿原及び人工湿地、トネハナヤスリ、タチスミレ等の生育地、オオヨシキリ、チュウヒ等の渡来地 | 2861 | 2012/7/4 |
| 20 | 尾瀬 | 福島県・群馬県・新潟県 | 高層湿原 | 8711 | 2005/11/08 |
| 21 | 奥日光の湿原 | 栃木県 | 高層湿原 | 260 | 2005/11/08 |
| 22 | 谷津干潟 | 千葉県 | 泥質干潟、シギ・チドリ渡来地 | 40 | 1993/06/10 |
| 23 | 佐潟 | 新潟県 | 大規模ガンカモ渡来地 | 76 | 1996/03/28 |
| 24 | 瓢湖 | 新潟県 | ため池、コハクチョウ、オナガガモ等の渡来地 | 24 | 2008/10/30 |
| 25 | 立山弥陀ヶ原・大日平 | 富山県 | 雪田草原 | 574 | 2012/7/4 |
| 26 | 片野鴨池 | 石川県 | 大規模ガンカモ渡来地 | 10 | 1993/06/10 |
| 27 | 三方五湖 | 福井県 | 固有魚類生息地 | 1110 | 2005/11/08 |
| 28 | 中池見湿地 | 福井県 | 低層湿原、厚く堆積した泥炭層 | 87 | 2012/7/4 |
| 29 | 藤前干潟 | 愛知県 | 河口干潟、シギ・チドリ渡来地 | 323 | 2002/11/18 |
| 30 | 東海丘陵湧水湿地群 | 愛知県 | 非泥炭性湿地（貧栄養性湿地）、シラタマホシクサ等の生育地、ヒメタイコウチ等の生息地 | 23 | 2012/7/4 |
| 31 | 琵琶湖 | 滋賀県 | 淡水湖、大規模ガンカモ渡来地、固有魚類生息地 | 65984 | 1993/06/10 |
| 32 | 串本沿岸海域 | 和歌山県 | 非サンゴ礁域のサンゴ群集 | 574 | 2005/11/08 |
| 33 | 円山川下流域・周辺水田 | 兵庫県 | 河川及び周辺水田、コウノトリ、ヒヌマイトトンボ等の生息地 | 560 | 2012/7/4 |
| 34 | 中海 | 鳥取県・島根県 | 大規模コハクチョウ・ホシハジロ・キンクロハジロ・スズガモ渡来地 | 8043 | 2005/11/08 |
| 35 | 宍道湖 | 島根県 | 大規模マガン・スズガモ渡来地 | 7652 | 2005/11/08 |
| 36 | 宮島 | 広島県 | 砂浜海岸、塩性湿地及び河川、ミヤジマトンボの生息地 | 142 | 2012/7/4 |
| 37 | 秋吉台地下水系 | 山口県 | 地下水系・カルスト | 563 | 2005/11/08 |
| 38 | 荒尾干潟 | 熊本県 | 干潟、クロツラヘラサギ、ツクシガモ等の渡来地 | 754 | 2012/7/4 |
| 39 | くじゅう坊ガツル・タデ原湿原 | 大分県 | 中間湿原 | 91 | 2005/11/08 |
| 40 | 藺牟田池 | 鹿児島県 | ベッコウトンボ生息地 | 60 | 2005/11/08 |
| 41 | 屋久島永田浜 | 鹿児島県 | アカウミガメ産卵地 | 10 | 2005/11/08 |
| 42 | 漫湖 | 沖縄県 | 河口干潟、クロツラヘラサギ渡来地 | 58 | 1999/05/15 |
| 43 | 慶良間諸島海域 | 沖縄県 | サンゴ礁 | 353 | 2005/11/08 |
| 44 | 久米島の渓流・湿地 | 沖縄県 | 渓流及びその周辺の湿地、森林、キクザトサワヘビの生息地 | 255 | 2008/10/30 |
| 45 | 名蔵アンパル | 沖縄県 | マングローブ林・河口干潟 | 157 | 2005/11/08 |
| 46 | 与那覇湾 | 沖縄県 | 干潟、シギ・チドリ類の渡来地 | 704 | 2012/7/4 |
登録湿地